みなし労働時間制を導入すれば，休憩時間を与えなかったり，割増賃金を支払わなかったりしてもよいのですか？

みなし労働時間制は，使用者の実労働時間把握算定義務を免除するだけですので，休憩時間を与える義務や割増賃金を支払う義務は免除されません。
したがって，１日９時間のみなし労働時間制を採用する場合には，１時間分の割増賃金を支払う義務はありますし，３６協定を締結する必要もあります。